自 2025 年 11 月 5 日零时起，广深铁路实施新的列车运行图。调图后，满图状态下开行列车 208 列，日均开行 178 列，环比增加 27 列。深圳站往返广州东（广州、广州白云、广州北）开行列车 172 列，环比增加 11 列。深圳至广州东一站直达时间由原来的快 1 小时整压缩至快仅需 56 分钟，深圳站广深铁路运营时间变长，日常深圳出发早 6:18、晚 22:47，平均 15 分钟就有一趟列车发出。
